1994年以来，先后编制了《“九五”计划和2010年规划设想》、《面向21世纪整体建设规划》、《“十五”发展计划》、《本科教育发展规划（2002～2010）》。2002年，教育部专家组认为学校在“十五”规划以及《本科教育发展规划（2002～2010）》等规划中，坚持实事求是、解放思想、与时俱进的原则，注重教育思想观念的更新，定位准确，规划落实，办学指导思想明确，质量意识强，能适应我国和广东省社会、经济发展以及中医药学术发展对高素质中医药人才的需要。在成功实施《“十五”发展计划》基础上，结合《本科教育发展规划（2002～2010）》，制定了《“十一五”发展规划》，进一步明确了学校定位。

　　目标定位：以研究教学型、研究型为发展方向，建设国内一流、国际知名的具有中医药特色的高水平大学。

　　层次定位：以本科教育为基础，认真办好中医长学制教育，积极发展研究生教育，以继续教育、高职教育为补充。

　　学科定位：以中医中药学科为主体，积极发展与中医药相关并对促进中医药事业发展具有重要作用的学科，医、理、工、管、经、文、教等多学科门类协调发展。

　　人才培养定位：培养职业素质好、实践能力强、有创新精神的中医药专门人才以及与医药相关的复合型人才。

　　服务面向定位：立足广东，面向全国，走向世界；向医疗及养生保健、科技、教育、管理、企事业及流通等领域输送中医药专门人才和与医药相关的复合型人才。

　　在《“十一五”发展规划》中提出的办学思路是：坚持以邓小平理论、“三个代表”重要思想为指导，以科学发展观统领全局，坚持社会主义办学方向，深入贯彻党的教育和卫生工作方针，遵循高等教育发展规律和中医药人才成长规律，进一步巩固教学中心地位，以社会需求为导向，以学科建设为先导，以提高教育质量为核心，以突出中医药内涵为特色，以改革创新为动力，推动规模、质量、结构、效益协调发展，使学校成为适应经济发展和社会进步需要、以中医药为主体、多学科协调发展的高水平特色大学。