“十五”期间，拥有中医内科学、中医临床基础、中医骨伤科学、中医妇科学等4个国家重点学科，还有8个广东省重点学科，7个国家中医药管理局重点学科。2007年，中医基础理论新增为国家重点学科，中医学被确定为一级学科国家重点学科，成为全国拥有中医学一级学科国家重点学科的两所中医药高校之一；中医学、中药学成为广东省一级学科重点学科，中西医结合基础继续成为广东省二级学科重点学科。

　　在专业发展规划与建设中，积极以重点学科为依托，不断加强中医学类专业、课程等教学内涵建设，着力提升教学质量与社会影响力。首先，按照“宽口径、大基础、后分化、重特色”的专业培养方案设置原则，以学校优势学科（专科）为支撑优化中医学类专业后期教育；同时，建立专业方向教研室负责制和本科生临床导师制，实现小班教学、医教相长，大大增加学生临床课间见习和床边教学时间，使学生深入临床，参与门诊和临床科室的运作，强化理论教学效果。其次，依托重点学科人才培养项目，强化临床师资队伍建设。以学科建设为龙头，以培养学科骨干教师和中青年学术带头人为重点，不断优化师资队伍结构。通过不断推进中医临床基础、中医妇科学、中医骨伤科学、中医内科学、针灸推拿学等重点学科的建设，培育了一批教学团队带头人。再次，重点学科建设与专业建设相得益彰。中医妇科学、伤寒论课程分别依托中医妇科学、中医临床基础两个国家重点学科的强力支撑，已建设成为国家级精品课程。2007年，中医学专业被确定为第一批国家特色专业建设点，针灸推拿学专业被确定为第二批国家特色专业建设点；2008年，中医学专业点成为国家理科基础科学研究和教学人才培养基地。